Zelda navega en la nave de Tetra, pero les aborda un barcofantasma que rapta a la capitana. Link está decidido a rescatarla,pero cae al mar y se separan. Naufraga en una isladonde conoce a la amnésica hada Ciela y al capitán Linebeck?y allí da comienzo su aventura en pos del barco fantasma!
