D.Gray-man transcurre en un mundo similar a la Inglaterra del sigloXIX. Ante la amenaza de los Akuma, armas demoníacas creadas por elConde del Milenio para sumir al mundo en los ´Tres Días de Oscuridad´(con el fin de acabar con el mundo tal y como se lo conoce), surgenlos Exorcistas, gente capaz de manipular una misteriosa sustanciadivina llamada Inocencia. La historia sigue la lucha de los Exorcistas por detener al Conde y su séquito, la familia Noé, seres humanos conhabilidades sobrenaturales herederos de los genes del profeta, quedicen ser los verdaderos mensajeros de Dios. Allen Walker,protagonista de la historia, podría ser la clave para acabar con estaguerra entre el bien y el mal.
